物理處理

崇仁污水處理采用物理處理的方法。污水先通過格柵去除大顆粒物質。隨后進入沉淀池，稍事停留，污泥沉淀至池底。接著，經過去油池處理，去除浮油。這樣處理后的污水，除去一部分懸浮顆粒物、沉淀物和浮油，仍然含有大量溶解性有機和無機污染物，需要進一步處理。

生物處理

生物處理是崇仁污水處理的核心部分。將物理處理后的污水導入生物反應器，通過微生物將有機物質轉化為無機物質，這樣處理的污水達到排放標準。崇仁污水處理采用的生物處理方式為曝氣式生物處理，曝氣可以加強生物反應器內氧化還原體系的氧化過程，使污水中的可生化有機物質更快被微生物分解。

消毒處理

經過物理處理和生物處理的污水，在通過消毒處理器中進行殺菌。一方面，可以去除殘留病菌、致病微生物和寄生蟲卵，從而達到消毒消疫的目的，更好的保障水環境安全。另一方面， 消毒防止了在污水流入全市自來水管網后，造成水龍頭頭部等處附著菌斑的情況， 保障市民出水安全 。這就是實現崇仁污水整治的目的之一。