預處理

在東莞的污水處理系統中，預處理是非常重要的一個環節。預處理的主要功能是通過物理、化學和生物等手段，將大顆粒物質、沉淀物、懸浮物、油脂等較容易處理的有機污染物去除。這些污染物如果不及時去除，會對污水處理設備造成嚴重影響，進而影響處理效果。預處理接管了東莞市污水處理系統94%的污水，同樣也是保障環境質量和居民用水安全的重要環節。

生化處理

在預處理后形成的污水，在生化處理中又會被微生物處理，以去除膠體物、大分子有機污染物、氮及磷等成分。在生化處理過程中，生化池中的微生物是關鍵因素，這些微生物可以將可生化有機物質分解成二氧化碳和水。東莞市采用A2/O+沉淀池（SBR）工藝，對污水進行解釋生化處理，然后通過沉淀池和消毒工藝來達到出水標準。

污泥處理

污泥是生化處理后生成的，污泥處理是整個污水處理過程中最為繁瑣的一個環節。因為污泥在處理過程中需要特別處理，否則會對環境造成嚴重的影響。東莞市采用兩種處理污泥的方式，一種是通過加藥分離，另一種是采用壓濾機脫水制成固體物。這些固體物被稱為污泥餅，并可以被外部廠家加工，制成肥料耕種。